一个 Python 项目的通用方法和配置文件应该放在哪里？

半路出家的野生程序员，最近在写一个 python 爬虫。

数据源来自多个网站，针对每一个网站写了一个类。

程序运行时，需要用到多个不同的数据库链接，还有针对不同网站的不同的 headers。我把这些参数都放在了一个 config.py 文件中。

还会用到一些自己写的常用的方法，比如字符串处理，时间处理，或者打日志等。我把这些方法放在一个 tools.py 文件中。

这两个文件都放在项目的根目录下，然后在每一个类中引入这两个文件。

现在，我觉得，这种处理方式不太好。
首先是数据库的密码都是明文的，每一个 headers 都写成了很长的字典。

另外我觉得，把常用的方法这样写，也不太妥当。

有没有前辈能指点一下，该怎么优化？提前谢谢大家。