作为一个银行程序员到底是该去业务部门还是留在科技部门

现已在某四大行工作了 12 年，业务部门、省行科技、总行科技都工作过。
先说结论，建议去业务。甚至说这都不是一个需要纠结的选项，可以这么说，拉 10 个科技的同事过来问，有 9 个会毫不犹豫选择转业务。一般人不是想转业务部门就能转的，很多人想尽办法，通过各种方式转业务部门，例如去下派交流后再回来转业务部门岗位、找高层领导关系转业务等等。
当然各个行的情况不一，我的判断也仅适合于本行的环境，无法确认是否适合你。关于你的几个问题：
1.工作内容基本上是与科技对接。工作职能不是一成不变的，转到业务部门之后，可供选择的路有很多，不一定一直都是与科技做对接。
2.通勤时间。单论时间或者距离，其实无所谓。银行内，提拔了之后可能去下级行搞行长、副行长呢，有时候可能不在同一个地市，难道会选择不去，拒绝提拔？另外，从你的描述上判断，科技部门与机关本部不在同一个地方办公，说明科技部门是一个直属机构管理模式，这个不用我多说吧，给人的感觉就是不同部门之间比较，科技部门不是亲儿子。
3.业务部门个别同事情商问题。第一，个别同事的情商不应该成为职场中选择部门的考虑因素。第二，一般来说，业务部门的平均情商在科技部门的平均情商之上，科技部门的同事相比较而言都是那种闷头干活，比较内向的性格，处理事情较为死板，而业务部门较为灵活，比较有人性。
4.提升通道。这个你自己也感觉到了，业务的路更宽，而且天花板更高。